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两个手机卡的短信可以通过不同的方式区分，以下是几种常见的方法。
1、手机设置：大多数手机都支持双卡双待功能，可以在手机的设置菜单中查看短信设置，选择使用哪个卡接收或发送短信，在编写短信时，也可以在选择卡的部分选择对应的手机卡。
2、短信来源识别：收到的短信通常会显示来自哪个卡的记录，如果收到一条短信，记录里可能会标明是卡一或卡二收到的信息。
3、短信内容识别：如果两个卡的用户设置了不同的个性化签名或标识，那么在短信内容中可能会有所体现，也可以根据短信内容中的特定词汇或语境来判断是哪个卡的短信。
4、手机应用管理：部分手机支持下载第三方应用来管理双卡双待功能，这些应用可以帮助用户更轻松地管理和区分来自不同卡的短信。
方法可能因手机型号和操作系统版本的不同而有所差异，建议根据自己的手机型号和操作系统版本选择最适合自己的方法。